Theo Quyết định số 35/2018/QĐ-TTg, ngày 14/8/2018 của Thủ tướng Chính phủ , cơ cấu tổ chức của Tổng cục đường bộ trực thuộc Bộ GTVT gồm các tổ chức sau:

I. Các tổ chức giúp việc Tổng cục trưởng:

1) Vụ Kế hoạch – Đầu tư

2) Vụ Tài chính

3) Vụ An toàn giao thông

4) Vụ Quản lý, bảo trì đường bộ

5) Vụ Khoa học công nghệ, Môi trường và Hợp tác quốc tế

6) Vụ Vận tải

7) Vụ Quản lý phương tiện và người lái

8) Vụ Tổ chức - Hành chính

9) Vụ Pháp chế - Thanh tra

10) Cục Quản lý xây dựng đường bộ.

11) Cục Quản lý đường bộ I

12) Cục Quản lý đường bộ II

13) Cục Quản lý đường bộ III

14) Cục Quản lý đường bộ IV

II. Các tổ chức sự nghiệp trực thuộc Tổng cục Đường bộ Việt Nam

15) Trường Trung cấp giao thông vận tải miền Bắc

16) Trường Trung cấp giao thông vận tải miền Nam

17) Trường Trung cấp nghề cơ giới đường bộ

18) Trường Trung cấp Giao thông vận tải Thăng Long

20) Trung tâm Truyền thông và Thông tin Đường bộ

21) Trung tâm kỹ thuật Đường bộ

Cục Quản lý đường bộ I có 04 phòng, 01 đội, 08 chi cục và 01 Trung tâm Kỹ thuật đường bộ. Cục Quản lý đường bộ II có 04 phòng, 01 đội, 06 chi cục và 01 Trung tâm Kỹ thuật đường bộ. Cục Quản lý đường bộ III có 04 phòng, 01 đội, 05 chi cục và 01 Trung tâm Kỹ thuật đường bộ. Cục Quản lý đường bộ IV có 04 phòng, 01 đội, 07 chi cục, 01 Trung tâm Kỹ thuật đường bộ và Cụm phà Vàm Cống. Cục Quản lý xây dựng đường bộ có Văn phòng và 04 phòng.

Tổng Cục trưởng Tổng cục Đường bộ Việt Nam quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của các đơn vị thuộc Tổng cục.